Hệ số điểm được dùng để phân chia các đội vào các nhóm khác nhau tại lễ bốc thăm lần này là dựa theo kết quả các đội đạt được tại vòng đấu bảng của vòng loại Euro 2004 và vòng loại World Cup 2006. Có vài điều đáng lưu ý sau:

• Đội đương kim vô địch Hy Lạp nghiễm nhiên được xếp làm đội hạt giống.
• Bồ Đào Nha không có hệ số điểm của vòng loại Euro 2004 do là nước chủ nhà.
• Đức không có hệ số điểm của vòng loại World Cup 2006 do là nước chủ nhà. Nên thay vì đó, thành tích của đội tại vòng loại World Cup 2002 đã được sử dụng.
• Kazakhstan không có thành tích nào ở các vòng loại Euro do lần đầu tham dự giải.

Lễ bốc thăm diễn ra vào ngày 27 tháng 1 năm 2006 tại Montreux, Thụy Sĩ. Dưới đây là thành phần các nhóm khác nhau đã được quyết định trước lễ bốc thăm.